Undang-undang nomor 22 tahun 1999 mengatur desentralisasi (pelimpahan wewenang dan tanggung jawab) di bidang administrasi dan di bidang politik kepada pemerintah daerah. Dengan adanya pelimpahan wewenang kepada pemerintahan daerah dengan diikuti perimbangan keuangan antara pusat dan daerah, diharapkan, pengelolaan dan penggunaan anggaran sesuai dengan prinsip “money follows function” yang diatur dalam UU Nomor 25 tahun 1999. Tetapi mengingat desentralisasi di bidang administrasi juga berarti transfer personal (Pegawai Negeri Sipil) yang penggajiannya menjadi tanggung jawab daerah, prinsip “money follows function”, atau sebut saja penggunaan anggaran sesuai fungsinya, tidak mungkin berlangsung.
Kepastian mengenai jumlah alokasi dan mekanisme penyaluran akan menjadi bahan pengambilan keputusan bagi pemerintah daerah untuk merencanakan jenis dan tingkat pelayanan yang dapat diberikan kepada masyarakat. Pada intinya, desentralisasi fiskal berupaya memberikan jaminan kepastian bagi pemerintah daerah bahwa ada penyerahan kewenangan dan sumber-sumber pendapatan yang memadai untuk memberikan pelayanan publik dengan standar yang telah ditentukan.
Tetapi pola desentralisasi fiskal yang hingga sekarang diterapkan di Indonesia masih terfokus pada otonomi pembiayaan, bukan pada otonomi pendapatan. Sekalipun daerah memiliki kewenangan untuk menggali sumber-sumber pendapatan sendiri tetapi ada pengecualian terhadap ekplorasi SDA. Oleh karena itu, pola transfer keuangan dari pusat ke daerah masih menjadi elemen penting untuk menunjang kapasitas keuangan daerah. Maka timbul permasalahan-permasalahan yang cukup penting. contoh permasalahan-permasalahan pokok desentralisasi fiskal saat ini yaitu :
1. Tantangan utama bagi pembangunan Indonesia bukan lagi untuk memberikan dana kepada daerah-daerah yang lebih miskin tetapi bagaimana memastikan agar daerah-daerah tersebut menggunakan dana yang disalurkan dengan sebaik-baiknya. (DAU).
2. Lebih dari setengah kenaikan alokasi DAU yang seharusnya digunakan untuk peningkatan penyediaan layanan kepada masyarakat digunakan untuk membiayai belanja pegawai pemerintah provinsi dan kabupaten/kota. kebijakan pembayaran gaji pegawai daerah secara penuh melalui DAU ini tidak mendorong pemda mengarahkan dana itu untuk peningkatan pelayanan masyarakat.
3. Banyak pemerintah daerah mengalami kesulitan untuk membelanjakan anggaran tambahan mereka. Mereka lalu menyimpan dana itu dalam rekening bank setempat, jumlah simpanan itu semakin banyak dan telah mencapai angka 3,1 persen dari PDB pada bulan November 2006.